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环境管理体系审核的核心内容是衡量一个组织的环境管理体系是否符合环境管理体系审核准则。它包括以下四个方面：①衡量环境管理体系是否完善；②环境管理体系的活动是否正确；③实施情况是否良好； ④体系是否充分适合于组织的环境方针和目标。
环境管理体系是否完善主要应检查组织体系是否包括环境方针、环境方案、组织结构、任务、职责和职权、环境审核和管理评审步骤等14001中规定的必要内容。
环境管理体系的活动是否正确，主要检查组织在废气、废水的排放，土壤污染，原材料、化学品和有害物质的管理和贮藏，环境技术规定，生产过程行为和管理，废物的收集和处置等方面做的如何，是否符合14001和14004规定的运行模式。
实施情况是否良好应检查体系是否全方位得到了确实的实施及其是否在组织内正常运作，应抽样检查程序的有效性及其实施，培训记录，测量报告记录，环境方针是否公布与众等。
组织的环境管理体系仍可能存在与组织环境方针、目标不相符合的地方，因材检查应包括对照目标检查排放的测量结果，检查对执照及法律、规章的专门条款的符合情况。
环境管理体系审核的依据可以归纳为以下三条：
①14001：14001是环境管理体系的规范性标准，作为审核的依据之一是必须的。因此要建立环境管理体系，必须以14001作为审核依据。
②环境管理手册、程序文件及其它相关环境管理体系文件：环境管理手册和程序文件是组织根据14001的要求编制的。它对组织的环境管理体系的实施提供强制性指令和具体操作运行指导。一旦发布就是组织的内部环境管理法规。
③适用于组织的环境法律、法规和其它要求：14001强调对环境法律、法规遵守的承诺，因此适用于组织的法律、法规和其它要求也必须作为审核依据之一，因为它在环境管理上占有十分重要的地位。这里的其它要求可以是相关的各种标准，排污许可证上的要求或相关方提出的要求等。
